Freyre Lab

Invitamos a estudiantes de las áreas de ciencias genómicas, bioquímica, biología, computación, matemáticas o física a unirse a nuestro laboratorio para desarrollar su tesis de licenciatura o hacer estudios de posgrado (maestría y doctorado) en biología de sistemas.

Nuestra investigación se enfoca en el estudio de la regulación genética desde la perspectiva de los circuitos genéticos globales. Buscamos comprender los principios de organización, dinámica, función y evolución que los gobiernan. Cómo estos dan origen a propiedades emergentes y respuestas coordinadas que permiten reconfigurar el programa genético de la célula. Para ello empleamos ciencia de datos, machine learning y data mining, así como genómica computacional y bioinformática.

La base de datos Abasy Atlas es desarrollada activamente por nuestro grupo. Más información sobre nuestra investigación: freyrelab.org

Existe la posibilidad de acceder a una beca (promedio mínimo 8.0). Además, existe la oportunidad de entrenarse en programación básica y avanzada de computadoras asistiendo a clases en el Programa de Licenciatura en Ciencias Genómicas, UNAM.

Se brindará apoyo si el candidato está interesado en aplicar al Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas o al Posgrado en Ciencias Bioquímicas, ambos de la UNAM.

Estudiantes altamente motivados por retos en la frontera de la ciencia, comprometidos, proactivos y entusiastas, favor de enviar su currículum y una breve carta de exposición de motivos.

[email protected], [email protected]
Dr. Julio Augusto Freyre-González
Grupo de Biología de Sistemas Regulatorios
Programa de Biología de Sistemas
Centro de Ciencias Genómicas, UNAM

Hoy Briefings in Bioinformatics (journal top del área) publica nuestro estudio sobre los desafíos que presenta la reutilización masiva de datos transcriptómicos para big data. En este estudio exploramos diversos aspectos de la disponibilidad de datos de expresión génica en el Gene Expression Omnibus de NCBI desde la perspectiva de las bacterias, abarcando desde el sesgo taxonómico, pasando por la accesibilidad de los metadatos, hasta la disponibilidad de los datos y los retos de su procesamiento. Nuestro análisis identifica una serie de problemas en la accesibilidad, disponibilidad, y estandarización de la información en GEO, lo cual actualmente limita fuertemente la posibilidad de reutilización y revalorización a gran escala de la información. Concluyendo con una lista de propuestas para mejorar su cumplimiento de los estándares de la comunidad y la disponibilidad de datos y metadatos.

How far are we from the era of big data in transcriptomics? Lessons from the bacterial data in GEO Abstract. The Gene Expression Omnibus (GEO) is the largest functional genomics repository, including ~5 million entries related to the main transcriptomic

Invitamos a estudiantes entusiastas en las áreas de ciencias genómicas, bioquímica, computación, matemáticas, o física a unirse a nuestro laboratorio para desarrollar su tesis de licenciatura o posgrado en biología de sistemas. Nuestra investigación financiada se enfoca en la reconstrucción a gran escala de redes regulatorias, el estudio de sus principios de organización, dinámica, función y evolución, cómo estos dan origen a propiedades emergentes y respuestas coordinadas y cómo se relacionan con las propiedades genómicas, empleando para ello teoría de sistemas complejos, machine learning y data mining. La base de datos Abasy Atlas es desarrollada activamente por nuestro grupo. Más información sobre nuestra investigación: freyrelab.org

Existe la posibilidad de acceder a una beca (promedio mínimo 8.0). Además, tendrán la oportunidad de aprender programación básica y avanzada de computadoras asistiendo a clases en el Programa de Licenciatura en Ciencias Genómicas, UNAM. Se brindará apoyo si el candidato está interesado en aplicar al Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas o al Posgrado en Ciencias Bioquímicas, ambos de la UNAM.

Se requiere que los candidatos sean altamente motivados por retos en la frontera de la ciencia, sean dedicados, proactivos y entusiastas. Si está interesado por favor envíe su CV y una breve exposición de motivos.